maraming himala ang naitala tungkol kay san isidro labrador. bukod pa ito sa mga anghel na kasama niyang nagbubungkal ng lupa, sa pamamagitan ng pagdarasal ay nabuhay niya ang anak na babae ng kanyang amo at napabukal din niya ang tubig sa tuyot na lupain para may mainom, nailigtas din nina san isidro at asawa niyang si santa maria de cabeza ang anak nilang nahulog sa balon na iniluwa ng tumaas ang tubig na parang walang nangyari.minsan ay inimbitahan ng mga kasamahan sa pagbubungkal ng lupa si san isidro sa isang salo-salo. dahil mahal niya ang mga pulubi, isinama niya sila mula sa simbahan na kanyang pinagdarasalan , at pumunta sila sa nasabing piging. nagulat ang punong abala sa nakita niya at tinanong kung paano niya ito mapapakain . dahil nahuli na siya ng dating, iyong para sa kanya lang ang natira. subalit sinabi niya na may sapat na pagkain para sa lahat. at himala nagkasya ito at may sumobra pa.
isa pang pagkakataon na naghimala siya sa pamamagitan ng pagpapadami. malaki ang pagmamahal ni san isidro lalu na sa mga hayop. minsan isang pagkakataon na taglamig doon, habang pasan-pasan niya ang isang sako ng trigo para gilingin, nakita niya ang mga ibon na tumutuka sa mga sanga ng puno na walang dahon at walang bunga . wala silang matuka. binuksan ni san isidro ang sako ng trigo at isinabog niya sa lupa. at kahit na kinukutya siya ng kanyang kasama na halos kalahati na ang natira ay hindi niya ito pinansin. subalit nang dumating silang dalawa sa gilingan ng trigo, puno pa rin ang sakong dala ni san isidro at nakapaggawa ng higit doble sa inaasahan niyang dami ng giniling na trigo.
nang mga apatnapung taon nang namamatay si san isidro, maraming milagro ang nangyari sa kanyang pamamagitan kaya ang kanyang labi ay inilipat sa isang dambana sa simbahan ni san andres. nananatili pa ring buo ang labi ni san isidro. noong 1211, nagpakita kay haring alfonso ng castile, na nakikipaglaban sa nga moors sa paso ng navas de tolosa si san isidro at itinuro niya sa hari ang kubling daan para masurpresa at matalo ang mga kalaban. mahigit apat na daang taon na ang nakalipas nang mamatay si san isidro, si haring felipe III ay may malubhang sakit na walang lunas at wala nang magagawa ang mga manggagamot. ang dambana ni san isidro ay ipinurusisyon mula sa madrid hanggang sa silid ng hari. sa oras na ang labi niya ay inialis sa simbahang pinaglagakan niya, nawala na ang sakit ng hari at nang dumating sa palasyo at dinala sa kanyang harapan ay tuluyan nang gumaling.
